1、概念不同：

（1）保稅區(qū)，也稱保稅倉(cāng)庫(kù)區(qū)，級(jí)別低于綜合保稅區(qū)。這是一國(guó)海關(guān)設(shè)置的或經(jīng)海關(guān)批準(zhǔn)注冊(cè)、受海關(guān)監(jiān)督和管理的可以較長(zhǎng)時(shí)間存儲(chǔ)商品的區(qū)域。是經(jīng)批準(zhǔn)設(shè)立的、海關(guān)實(shí)施特殊監(jiān)管的經(jīng)濟(jì)區(qū)域。保稅區(qū)的功能定位為“保稅倉(cāng)儲(chǔ)、出口加工、轉(zhuǎn)口貿(mào)易”三大功能。保稅區(qū)具有進(jìn)出口加工、國(guó)際貿(mào)易、保稅倉(cāng)儲(chǔ)商品展示等功能，享有“免證、免稅、保稅”政策，實(shí)行“境內(nèi)關(guān)外”運(yùn)作方式，是中國(guó)對(duì)外開放程度高、運(yùn)作機(jī)制便捷、政策優(yōu)惠的經(jīng)濟(jì)區(qū)域之一。

（2）保稅倉(cāng)庫(kù)，是指由海關(guān)批準(zhǔn)設(shè)立的供進(jìn)口貨物儲(chǔ)存而不受關(guān)稅法和進(jìn)口管制條例管理的倉(cāng)庫(kù)。儲(chǔ)存于保稅倉(cāng)庫(kù)內(nèi)的進(jìn)口貨物經(jīng)批準(zhǔn)可在倉(cāng)庫(kù)內(nèi)進(jìn)行改裝、分級(jí)、抽樣、混合和再加工等，這些貨物如再出口則免繳關(guān)稅，如進(jìn)入國(guó)內(nèi)市場(chǎng)則須繳關(guān)稅。各國(guó)對(duì)保稅倉(cāng)庫(kù)貨物的堆存期限均有明確規(guī)定。設(shè)立保稅倉(cāng)庫(kù)除為貿(mào)易商提供便利外，還可促進(jìn)轉(zhuǎn)口貿(mào)易。保稅倉(cāng)庫(kù)由直屬海關(guān)審批。企業(yè)申請(qǐng)?jiān)O(shè)立保稅倉(cāng)庫(kù)的，應(yīng)當(dāng)向倉(cāng)庫(kù)所在地主管海關(guān)提交書面申請(qǐng)，并備齊相關(guān)證明材料。申請(qǐng)材料齊全有效的，主管海關(guān)予以受理。申請(qǐng)材料不齊全或者不符合法定形式的，主管海關(guān)應(yīng)當(dāng)在5個(gè)工作日內(nèi)一次告知申請(qǐng)人需要補(bǔ)正的全部?jī)?nèi)容。主管海關(guān)應(yīng)當(dāng)自受理申請(qǐng)之日起20個(gè)工作日內(nèi)提出初審意見并將有關(guān)材料報(bào)送直屬海關(guān)審批。直屬海關(guān)應(yīng)當(dāng)自接到材料之日起20個(gè)工作日內(nèi)審查完畢，對(duì)符合條件的，出具批準(zhǔn)文件，批準(zhǔn)文件的有效期為1年；對(duì)不符合條件的，應(yīng)當(dāng)書面告知申請(qǐng)人理由。

2、內(nèi)涵不同：

（1）中國(guó)境內(nèi)保稅區(qū)就形同國(guó)外，即國(guó)外過來的貨物放在保稅區(qū)，相當(dāng)貨物還在國(guó)外，不用交關(guān)稅，但出了保稅區(qū)進(jìn)入非保稅區(qū)，就是從國(guó)外進(jìn)口到中國(guó)的意思，要交關(guān)稅。中國(guó)非保稅區(qū)貨物進(jìn)入保稅區(qū)，就表示已經(jīng)出口到國(guó)外了，要交關(guān)稅了。

（2）保稅倉(cāng)庫(kù)是已經(jīng)是中國(guó)境內(nèi)的意思。只是可以儲(chǔ)存貨物的功能。比如中國(guó)貿(mào)易企業(yè)進(jìn)口貨物入境，但是沒有找到貨物買主，就可以放入保稅倉(cāng)庫(kù)，要交監(jiān)管費(fèi)，等找到買家就出庫(kù)。或者入庫(kù)后想等有個(gè)好價(jià)錢再賣。這也涉及到海關(guān)的不同貿(mào)易方式的申報(bào)。

3、操作流程不同：

（1）保稅區(qū)內(nèi)外進(jìn)出，視同進(jìn)出口，即按照一般的有關(guān)進(jìn)出口的管理規(guī)定來辦理相關(guān)手續(xù)。

（2）保稅倉(cāng)庫(kù)貨物進(jìn)出庫(kù)，不視同進(jìn)出口一、保稅倉(cāng)庫(kù)貨物進(jìn)庫(kù)通關(guān)保稅倉(cāng)庫(kù)進(jìn)口貨物進(jìn)境時(shí)，收貨人或其代理人應(yīng)持有手寫白色進(jìn)口貨物報(bào)關(guān)單（貿(mào)易性質(zhì)為保稅倉(cāng)庫(kù)貨物1233）一份，保稅倉(cāng)庫(kù)貨物進(jìn)庫(kù)清單、保稅倉(cāng)庫(kù)貨物進(jìn)出庫(kù)登記表（一式兩份） 進(jìn)口合同，進(jìn)口發(fā)票，裝箱單。正本提單及海關(guān)需要的其他單證；收貨人或其代理公司報(bào)關(guān)員憑主管海關(guān)審批同意的 保稅倉(cāng)庫(kù)貨物進(jìn)庫(kù)清單 進(jìn)口貨物報(bào)關(guān)單手寫聯(lián)，到預(yù)錄入公司進(jìn)行報(bào)關(guān)單預(yù)錄入，并向海關(guān)通關(guān)中心進(jìn)行電子通關(guān)進(jìn)口申報(bào)。保稅倉(cāng)庫(kù)貨物的進(jìn)口報(bào)關(guān)單電子數(shù)據(jù)一律經(jīng)審單中心集中審核。